Научно-исследовательская работа в университете нацелена на выполнение фундаментальных, прикладных, поисковых исследований по наиболее востребованным отраслями АПК приоритетным направлениям развития науки, развитие традиционных и новых научных направлений, подготовку научно-педагогических кадров высшей квалификации и выполняется на 57 кафедрах в 14 научных лабораториях, в учебно-научном центре, центре комплексного экологического мониторинга и экобезопасности (КЭМЭ), научно-исследовательском институте леса.

Научные направления разрабатываются в рамках Межведомственной координационной программы фундаментальных и приоритетных прикладных исследований по научному обеспечению развития АПК РФ на 2005-2010 гг., Государственной научно-технической программой АН РБ «Научное обеспечение воспроизводства биологических ресурсов и развития агропромышленного комплекса Республики Башкортостан», Федеральной целевой программы «Интеграция науки и высшего образования России на 2007-2012 годы», приоритетного национального проекта «Развитие АПК».

За последние пять лет по результатам научных исследований в производство внедрены: сорта фасоли: «Золотистая», «Уфимская»; сорт мягкой пшеницы «Туймазинская»; сорт короткостебельного подсолнечника; технология производства высококачественного продовольственного зерна; системы почвозащитной обработки почвы в севооборотах; биопрепараты на основе эндофитных микроорганизмов для защиты растений от болезней; технология хранения влажного кормового зерна без сушки; стимулирующие подкормки для пчелиных семей; синтетические ферромонные препараты для управления жизнедеятельностью пчелиных семей; препараты для повышения резистентности и продуктивности сельскохозяйственных животных и птицы; технологии восстановления коленчатых валов контактной приваркой стальной ленты и плазменной наплавкой порошковыми материалами; способы совершенствования конструкции топливных систем дизелей; проекты систем автоматизации печей прямого нагрева; эколого-биологический мониторинг на территории землепользования; рекомендации по финансовому оздоровлению сельскохозяйственных предприятий и др. заложено новое учебно-опытное поле с современной научной лабораторией. В основу научно-производственных опытов положены системы разноглубинной безотвальной обработки почвы в различных видах севооборотов. В университете функционируют и научно-производственные подразделения, разрабатывающие и внедряющие свои проекты в производство. Совместно с фирмой «Bosh» организован пункт диагностики и ремонта топливной аппаратуры для тракторов и комбайнов. Функционирует производственный участок по восстановлению изношенных деталей. Здесь по заказам предприятий восстанавливаются несколько десятков наименований деталей, в том числе и коленчатые валы двигателей.

В 2000 году создан научно-образовательный центр, в его составе функционируют центральная аналитическая лаборатория, лаборатория электронной микроскопии, научные лаборатории биотехнологии, молекулярной генетики, репродуктивной биотехнологии скота, а также испытательная лаборатория по иммуногенетической экспертизе достоверности происхождения племенных животных с лицензией Минсельхоза России. Лабораторией биотехнологии депонирован новый эндофитный штамм Bacillus subtilis с высоким антагонизмом к патогенам. Лаборатория репродуктивной биотехнологии скота провела диспансеризацию 1000 голов скота в 6 хозяйствах республики. Иммуногенетическая экспертиза животных выполнена в 41 с.-х. предприятии.

В университете существует хорошо продуманная система организации научно-исследовательской работы студентов. Учебные планы всех специальностей предусматривают изучение дисциплины «Основы научных исследований и патентоведение». В начале третьего курса за всеми студентами закрепляются темы научных работ. Результаты научных докладываются на ежегодных конференциях, на неделе студенческой науки, представляются в научных статьях, включаются в курсовые, дипломные работы и проекты. Подготовка научных и научно-педагогических кадров осуществляется в аспирантуре по 31 специальности и в докторантуре по четырем специальностям. В университете функционируют шесть советов по защите докторских и кандидатских диссертаций.

Центры и лаборатории:

• Научно-образовательный центр;
• Учебно-научный центр;
• Центр экологического мониторинга и экобезопасности;
• Научно-исследовательский институт леса;
• Научно-аналитический центр промышленной санитарии и гигиены;
• Научно-производственная фирма "Башдизель";
• Сектор №19 ГОСНИТИ "Технологии и средства технического сервиса топливной аппаратуры автотракторных и комбайновых дизелей";
• Научно-исследовательский институт информационных технологий;
• Научно- и учебно-методический центр ветеринарно-санитарной экспертизы;
• Консультационно-диагностический центр ветеринарной медицины;
• Биотехнологическая лаборатория;
• Инновационный научно-производственный центр "Ремонт. Восстановление. Модернизация"