В условиях возрастающей потребности руководителей и специалистов агропромышленного комплекса в совершенствовании и обновлении знаний, развития системы непрерывного инновационного образования подготовка и переподготовка кадров становится первоочередной задачей для Министерства сельского хозяйства РБ и аграрного университета. Знания, полученные на курсах повышения квалификации должны повлиять на эффективность сельскохозяйственного производства.
Аграрный университет всегда активно участвовал в повышении квалификации руководителей и специалистов АПК республики. На основе Постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О дальнейшем улучшении системы повышения квалификации руководящих кадров колхозов и совхозов и специалистов сельского хозяйства» в 1966 г. в Башкирском сельскохозяйственном институте создается факультет повышения квалификации руководящих кадров.
Первоначально на факультете функционируют отделения: подготовка руководящих кадров колхозов и совхозов; повышение квалификации руководящих кадров и специалистов сельского хозяйства.

С первых дней создания факультет возглавил воспитанник института В.Г. Гибадуллин (1966-1982). В дальнейшем факультет возглавляли известные руководители сельского хозяйства герой социалистического труда, бывший министр сельского хозяйства республики А.Г. Аминев (1982-1989), кавалер ордена Трудового Красного Знамени, двух орденов «Знак Почета», бывший председатель Кигинского райисполкома У.С. Ямалиев (1989-1992).
В связи с открытием специального института повышения квалификации сельскохозяйственных кадров в дальнейшем деятельность факультета была прекращена.
Башкирский институт переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса был создан приказом Минсельхоза России № 221 от 8 апреля 1992 года на базе Башкирской школы управления агропромышленным комплексом и факультета повышения квалификации Башкирского государственного сельскохозяйственного института.
23 сентября 1992 года постановлением главы Администрации Советского района г. Уфы № 2624 зарегистрирован Устав института. Согласно уставу институт являлся правопреемником прав и обязанностей школы и факультета, осуществлял свою деятельность под руководством Главного управления кадрами Минсельхоза России и плана-приказа Минсельхоза РБ, а также путем заключения прямых договоров с руководителями сельхозпредприятий, учреждений, коллективов и гражданами.
Координацию и контроль деятельности института осуществлял Департамент кадровой политики и образования Минсельхоза России.
В различные годы ректорами института были:

1. Биккинин Тимерхан Сабитович, кандидат с-х наук, - 1992-1996 год;
2. Тулебаев Иксан Сагитович – 1996-1997 год;
3. Гайсин Фарит Ахметович, доктор социологических наук – 1997-2002 год;
4. Сиразетдинов Фарит Хамитович, доктор с-х наук, профессор, заслуженный работник сельского хозяйства Российской Федерации и Республик Башкортостан  – 2002-2011 год.

В условиях возрастающей потребности руководителей и специалистов агропромышленного комплекса в совершенствовании и обновлении знаний, развития системы непрерывного инновационного образования подготовка и переподготовка кадров становится первоочередной задачей для Министерства сельского хозяйства РБ и аграрного университета.
Аграрный университет обладает большим опытом подготовки кадров для села, но из-за сложившихся обстоятельств последние 15-20 лет профессорско-преподавательский состав Башкирского ГАУ в основном был в стороне от повышения квалификации специалистов АПК, в том числе своих же выпускников. Многие разработки и научные рекомендации ученых оставались не дошедшими до производственников. Образовался некоторый вакуум между наукой и производством.
С целью привлечения научного потенциал в движение, повышения заинтересованности ученых в практической направленности  их работы в 2004 году в аграрном университете было создано специальное структурное подразделение – учебный центр, который в последующем был преобразован  в Учебный центр дополнительного профессионального образования.
Со дня образования Учебным центром руководил заслуженный работник сельского хозяйства Российской Федерации и Республики Башкортостан, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Ягафаров С.С., имеющий управленческий опыт и опыт работы в соответствующей отрасли.
За период функционирования Учебного центра количество учебных программ, по которым ведется обучение руководителей и специалистов АПК республики выросло с 6 до 55 групп с 24 до 130, численность слушателей с 1065 до 8953 человек. Ведется обучение по программам профессиональной переподготовки на право ведения деятельности в сферах «Городской кадастр», «Земельный кадастр», «Лесное хозяйство», «Землеустройство», «Управление финансами»; планируются организация переподготовки по остальным профильным направлениям обучения в нашем вузе.

Таблица Результаты деятельности Учебного центра ДПО

С целью объединения потенциала аграрного университета, материальных ресурсов, внедрения результатов научных исследований в производство Правительством РБ и Министерством сельского хозяйства РФ было принято решение о возврате Башкирского института переподготовки и повышения квалификации кадров АПК в прежнее положение и присоединении его к аграрному университету (Приказ Минсельхоза РФ от 08.02.2011 N 32).