Кафедра функционируют с первых дней открытия института. До 1935 г. кафедру возглавлял доцент С.А. Баранов, приложивший совместно с лаборантом Л.Л. Куликовой (с 1933 г. ассистент) много усилий для становления кафедры и обеспечения учебного процесса. Затем в течении года кафедрой руководил доцент А.К. Носков, а с 1936 г. заведующим стал проф. А.Н. Богданов.
После отъезда проф. А.Н. Богданова в 1958 г. из республики кафедрой руководил проф. В.Д. Авдеев, а затем доцент М.Г. Ханисламова.
В первые четыре года после организации института дисциплину "Физиология растений" вели на кафедре ботаники. А с 1935 г. была создана одноименная самостоятельная кафедра, которой руководил до 1966 г. доцент Б.М. Сахаутдинов.
В сентябре 1966 г. кафедра физиологии растений снова сливается с кафедрой ботаники и получает название ''Кафедра ботаники, физиологии и биохимии растений". Заведующими ее были доценты И.А. Галеев (1966-1978 гг.), Н.М. Нурмухаметов (1978-1994 гг.), М.М. Хайбуллин (1994 – 2010 гг.).
Решением Ученого совета университета в 2005г. кафедры «Ботаники и физиологии растений» и «Селекции и семеноводства» были объеденены в одну кафедру «Ботаники, физиологии и селекции растений». С 2010 г. по сегодняшний день кафедрой руководит доцент В.С. Сергеев.

В учебной работе и научных исследованиях в разные годы принимали активное участие В.Я. Седашева, М.Р. Зюрина, Антонов М.П. Шишкина Л.А., Н. К. Левченко, М.В. Визгалова, Н.Р. Панчина, Денисова А.В., Акъюлова З.Р., Нурмухаметов Н.М., препараторы А.Х. Хабирова, Н.А. Хамидуллина и др.
Только за последние пять лет сотрудниками кафедры опубликованы три монографии,3 учебных пособия и более 50 научных статей и методических указаний.

В настоящее время, из 12 работающих на кафедре преподавателей 2 профессора, 3 доктора наук; 5 доцентов, кандидаты наук;  3 ассистента:

заведующий кафедрой Сергеев В.С.
профессор Хайбуллин М.М.
профессор Самигуллин С.Н.
доцент Радцева О.В.
доцент Исаев Р.Ф.
доцент Рахимова Г.М.
доцент Полякова Г.Н.
доцент Садыкова Ф.В.
ассистент Ахмадуллина И.И.
ассистент Дмитриев А.М.
ассистент Ишкинина Ф.Ф.

Все сотрудники кафедры принимают активное участие в научно-исследовательской, воспитательной работе и руководят научно-исследовательской и дипломной работой студентов. Ежегодно на кафедре более 15 студентов очного и заочного обучения выполняют дипломную работу и успешно их защищают. Сотрудниками кафедры составлены и опубликованы методические указания и пособия к ЛПЗ, самостоятельной работе, выполнению НИР, дипломной работы.
Кафедра большое внимание уделяет в учебном процессе научно-исследовательской работе студентов в виде УИРС, НИРС. За последние 10 лет подготовлено более 100 дипломников. Студенты своими исследования ежегодно участвуют на научных конференциях университета и других вузах России. По результатам конкурса научные исследования студентов кафедры были поощрены дипломами и почетными грамотами.
В настоящее время кафедра проводит обучение по 13 дисциплинам на факультетах агротехнологий и агробизнеса, биолого-технологическом, землеустройства и лесного хозяйства, ветеринарной медицины и пищевых технологий. По каждой дисциплине кафедры составлены УМК.
Научные исследования ведутся по следующим темам: Разработка  технологии возделывания лекарственных растений (профессор М.М.Хайбуллин). Агроэкологические особенности применения биофунгицидов, антисстресовых, ростоускоряющих иммуностимулирующих препаратов и биоктивированных удобрений на посевах сельскохозяйственных культур (доцент В.С. Сергеев).  Доценты О.В. Радцева и Г.М. Рахимова изучают физиологические и биохимические механизмы действия биопрепаратов и регуляторов роста на развития сельскохозяйственных растений. Ведутся исследования по генетике и селекции культурных растений. Под руководством профессора Самигуллина С.Н., были созданы линии гороха (всего 16), сочетающих ценные признаки, включенных в мировую коллекцию ВНИИ растениеводства им. Н.И. Вавилова, а также сортов яровой мягкой пшеницы "Миловская", "Уфимская", "Туймазинская", «Иремель», фасоли - "Уфимская", "Прибельская", "Золотистая" и подсолнечника - "Сайвен". Сорта фасоли "Уфимская", "Золотистая" включены в Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использованию. Сорта пшеницы "Туймазинская" и подсолнечника "Сайвен" находятся на государственных испытаниях.
Кафедра располагает материально-технической базой для подготовки квалифицированных специалистов сельского хозяйства. Сотрудники систематически пополняют лаборатории кафедры наглядным материалом, семенами сельскохозяйственных культур и необходимым оборудованием и приборами.
В настоящее время сотрудники кафедры осваивают новые технологии обучения с применением компьютерной техники. Кафедра ведет большую профориентационную работу среди сельской молодежи и подготовки абитуриентов для поступления в ФГБОУ ВПО Башкирский ГАУ.
Коллектив кафедры четко представляет, что от качества его работы зависит база знаний будущих специалистов агропромышленного комплекса Республики Башкортостан.

Адрес кафедры:450001, г. Уфа, ул. 50 лет Октября, 34, 2 этаж, каб. 232/1
Телефон (347) 278-56-11