Подготовка специалистов по бухгалтерскому учету началась в 1969 году на экономическом факультете.
Кафедра «Бухгалтерский учет и анализ» как обособленное подразделение, создана в 1973 году, возглавил ее доцент Хусаинов М.К.
Решением Ученого Совета университета в 2002 г. кафедра переименована как «Бухгалтерский учет и аудит».
За период существования кафедры ею руководили: Хусаинов М.К. (1973 – 1978 гг.), Гайфуллин Г.Л. (1978 – 1993 гг.), Хабиров Г.А. (1993 – 2000 гг.), Исмайлова Л.А. (2000 – 2003 гг.), Сибагатуллина Р.М. (2003-2004 гг.), Шайнурова З.М. (март 2004 – 2008 гг.)
В разные годы на кафедре работали кандидаты экономических наук - Насретдинова Г.Ш., Габбасов Г.Х., Мухамедьярова А.К., Сулейманова А.Х., Имангулов А.Б.
С 2008 года кафедру вновь возглавляет доктор экономических наук, профессор, Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан Хабиров Гамир Ахметгалеевич.
Под его руководством ведутся научно – практические исследования по двум направлениям:
- в области совершенствования методологического обеспечения сис-темы бухгалтерского учета; обеспечения достоверности и полного раскрытия бухгалтерской отчетности; анализа финансово – хозяйственной деятельности и аудита;
- по совершенствованию форм хозяйствования и методов исследования деятельности сельских товаропроизводителей.
По результатам научных исследований за 2000 – 2010 гг. опубликовано более 35 монографий, 220 научных статей, в т.ч. в рецензируемых журналах – 54 статей, разработано 5 инновационных проекта, представлено в Министерство сельского хозяйства РБ 15 научно - практических рекомендаций для внедрения в производство, подготовлено 13 кандидатов экономических наук, ведется руководство 2 докторантами.
Основным направлением работы преподавателей кафедры является подготовка специалистов по специальности «Бухгалтерский учет, анализ и аудит», а также ведется научно – педагогическая и воспитательная ра-бота со студентами специальностей «Финансы и кредит», «Экономика и управление на предприятии (в аграрном производстве)», «Прикладная информатика в экономике» и «Маркетинг».
Профилирующими дисциплинами, по которым ведется обучение, являются: теория бухгалтерского учета, бухгалтерский финансовый учет, бух-галтерский управленческий учет, лабораторный практикум по бухгалтерскому учету, бухгалтерский учет в бюджетных организациях, учет, анализ и аудит внешнеэкономической деятельности, автоматизация бухгалтерского учета, бухгалтерское дело, бухгалтерская (финансовая) отчетность, бухгалтерское дело, бухгалтерский учет в банках, учет, анализ и аудит операций с ценными бумагами, международные стандарты учета и финансовой отчетности, учет на предприятиях малого бизнеса и КФХ, учет затрат, калькулирование и бюджетирование в отдельных отраслях производственной сферы АПК, учет в торгово – снабженческих и обслуживающих организациях АПК, контроль и ревизия, основы бухгалтерского учета и финансы АПК, теория экономического анализа, автоматизация экономического анализа, комплексный экономический анализ, анализ и диагностика финансово – хозяйственной деятельности предприятий, финансовый анализ, экономический анализ.