Кафедра «Информатика и информационные технологии» обеспечивает учебный процесс всех факультетов университета по дисциплинам информатики и современных информационных технологий и обеспечивает выпуск специалистов по специальности «Прикладная информатика в экономике».
Кафедра с первоначальным названием «Информатика и основы научных исследований» создана в 1994 году. Первым ее заведующим был проф. Иофинов А.П. (1994-1999). В 2000 году кафедра была переименована. Заведующими кафедры были: проф. Акрамов Т.А. (1999-2000), проф. Костюкова Т.П. (2000-2005), проф. Анфёров М.А. (2005-2007). С сентября 2007 года кафедру возглавляет к.т.н., доцент Кунафин Айдар Фагимович.
На кафедре в настоящее время работают 19 преподавателей, в том числе:
• 1 профессор;
• 8 доцентов;
• 8 старших преподавателей;
• 2 ассистента.
Основной состав преподавателей (81,25%) имеет базовое образование по профилю кафедры (физико-математический факультет Башкирского государственного университета, факультет информатики и робототехники Уфимского государственного авиационного технического университета).

Профессорско-преподавательским составом проводится большая учебно-методическая работа. За последние годы полностью обновлен учебно-методический комплекс по основному курсу информатики: издано более 120 методических указаний, 5 учебных пособий, 2 сборника примеров и задач.
Используются современные технологии и методики обучения, основанные на использовании вычислительной и мультимедийной техники (мультимедиа-проекторов, интерактивных досок). В учебном процессе используются более 20 современных лицензионных программных продуктов. Постоянно пополняется банк презентаций для чтения лекций. Разработано и установлено электронное методическое сопровождение учебного процесса в части самостоятельной работы студентов, доступное в локальной сети кафедры.
Кафедра первой в университете приступила к созданию и внедрению в учебный процесс электронных обучающих средств. Создано 12 электронных учебников, 7 учебных пособий, 2 УМК. На занятиях используются более 50 собственных электронных учебных разработок, имеющих государственную и отраслевую регистрацию.
Основное направление научной работы кафедры – создание единого информационного пространства (базы данных, инструментально-программных и аналитических средств) для производителей и потребителей сельхозпродукции республики Башкортостан на основе системного подхода и CALS технологий.
В рамках основного направления ведутся научные исследования по следующим темам:
— Разработка систем оперативного контроля наработки и расхода топлива МТА;
— Разработка единой базы научно-практических рекомендаций и инновационных образовательных ресурсов и для профессионального и дополнительного образования в АПК;
— Разработка приборов для неразрушающего контроля качества термической обработки закаленных и восстановленных деталей из ферромагнитных материалов;
— Разработка и внедрение приборов для контроля изоляции электрических машин постоянного и переменного тока.
Результаты научной работы отражены в более 200 научных трудах, в 6 монографиях и учебных пособиях, 8 патентах и авторских свидетельствах на изобретение, 12 свидетельствах ФИПС и свыше 50 свидетельствах ОФАП.
В научную работу кафедры вовлечены студенты различных курсов и специальностей. Студенческая научно-исследовательская работа организуется в форме научных кружков. Ежегодно проводятся межфакультетские предметные олимпиады по программированию, информационным технологиям, WEB-дизайну и базам данных.
Результаты НИРС представляются на научных конференциях и конкурсах различного уровня, на которых систематически занимаются призовые места.


В 2005 году команда студентов специальности «Прикладная информатика в экономике» заняла 1 место среди непрофильных ВУЗов на Всероссийской олимпиаде по информатике, в 2009 г. – 1 место в региональном туре Международной олимпиады по программированию в программе «1С: Предприятие» среди студентов ВУЗов.
Материально-техническая база кафедры включает шесть современных компьютерных классов, объединенных локальной информационной сетью по технологии клиент-сервер, интегрированной в сеть университета с выходом в Интернет и библиотечную систему автоматизированного поиска и доступа к полнотекстовым материалам изданий «WEB ИРБИС».